不过，流水镇目前也面临着一些技术难题。多年种瓜，换茬较少，瓜农为追求产量，施用了过多的农药、化肥，造成很多瓜田土壤板结。华中农大教授别之龙说，要解决这一问题，需要采取嫁接和轮作的方式，并改变单一施复合肥的习惯，调整施肥种类，增施有机肥。2011年，华中农大与流水镇签订了为期三年的西瓜产业科技合作协议。华中农大将为“流水西瓜”产业发展提供诸如新品种引进和筛选以及对育苗技术、种植新技术、病虫害防治技术、贮运技术进行推广和运用等全方位支持。
除了不断提升科技水平，基础设施的建设也是一项重点工作。瓜农石太军种了60多亩西瓜，他说：“今年天气干得很，坐果时十分盼望下雨。”他种西瓜的坡地，灌溉不了，保墒差，平常管理都很好，就是膨果时缺水分而减产，小瓜比例高。
大瓜大价钱，小瓜小价钱，西瓜经纪人马双说，瓜农送来的一车“黑美人”，8斤的占60％，大部分是7成熟，价格才能在0.5元/斤以上，否则就是低价。
农田水利设施跟不上，导致了瓜农望天收。别之龙教授说：“一个西瓜90％都是水分，膨大期是最需要水的，而‘流水西瓜’基本上都种植在丘陵岗地，灌溉设施较少，只有盼着下雨。”
流水镇瓜农的生产情况，在露地瓜果种植中具有代表性。湖北省农业厅蔬菜办副主任袁尚勇对记者说，政府在蔬菜瓜果等经济作物的基础设施建设项目上投入不多，与现代农业发展的要求相比，差得还很远。
流水镇邓林村地势较高，有头脑的瓜农购买了移动式小型喷灌设备，成本低，拆卸灵活，田地适应性强，2012年采用这个设备的比仅依靠自然降水的瓜田增产30％以上。杨家乐介绍说，目前，全镇32％的农户拥有这台灌溉设备。如果农村塘堰水源能得到保障，这台设备能发挥的作用更大。
除了西瓜生产方面的基础设施外，流水镇的西瓜交易市场等设施还不完善，导致了大量瓜农在大街上进行交易。
现在“流水西瓜”不用干部四处去推销了，干部的主要职责就是确保道路交通顺畅，刘新红说，在流水镇的西瓜上市交易期间，每天平均有1000余辆大货车、上万辆拖拉机汇聚于此。只要两辆以上13米长的大货车同时出现，街上就会拥堵。
根据“2013年‘流水西瓜’销售值班安排”，流水镇100余名镇、村干部组成3个专班，从早6点到晚8点，在各自分片路段上维护市场秩序。戴着草帽，挂张工作牌，搭条毛巾，挎个茶缸，揣盒“金嗓子”，就是值班干部们的全部工作装备。镇里的干部陈丹风说，她是本地人，去年毕业的大学生，家里父母也在种瓜，以前想着考上了公务员，工作会轻松，哪想到要在太阳底下一站一天，比瓜农还辛苦。
流水镇不是没有交易市场，但容量有限，满足不了现在的西瓜交易形势。流水镇西瓜产业带动了周边县市、乡镇，那里的农民也把瓜运到流水镇来卖。至少需要再建个200亩的西瓜交易大市场。可是城镇周边的土地是有限的，现有条件下，流水镇鼓励各村、组建好自有的辅助市场，不必让瓜农非要到镇中心来交易。镇里继续实行西瓜市场建设补贴政策，达到10亩以上且有配套设施的，经本人申请，实地考察验收后，最高可给予2万元的奖励资金。